El diagnóstico operativo se aplica principalmente en el caso de una nueva implementación del sistema de gestión por procesos de negocio; durante el trabajo inicial de modelado arquitectónico ya se empieza a verificar la conformidad de los procesos existentes con la visión y objetivos empresariales. Es posible, ya desde esta fase operativa, empezar a desvelar los patrones de flujo de trabajo fundamentales y de la distribución de tareas.

La detección de errores y la identificación de actividades no eficaces en los procesos empresariales son muy importantes desde un punto de vista estratégico, de las exigencias económico-financieras y de la gestión de riesgos en general.

Es sabido que las principales disfunciones de los procesos están relacionadas con la forma como se organizan sus actividades y con el flujo de información establecido. A través del análisis del modelado con BPMN, así como durante su ejecución, es posible empezar a detectar espacios de mejora tales como posibilidades de alteración de los procedimientos, de automatización de actividades o de la necesidad de establecimiento de métricas.

Las técnicas de Process Mining han aportado una verdadera revolución no solamente en el diagnóstico de procesos (validación de conformidad e identificación de oportunidades de mejora) sino también en el descubrimiento de procesos “ocultos” (Process Discovery) que merecen ser formalizados con vistas a una mejor gestión de los procesos empresariales.