O diagnóstico operacional é aplicado principalmente no caso de uma nova implementação do sistema de gestão de processos de negócio; durante o trabalho inicial de modelagem arquitetónica, já começa a verificação da conformidade dos processos existentes relativamente à visão e aos objetivos do negócio. É possível, já nesta fase operacional, começar a desvendar os padrões fundamentais de workflow e de distribuição de tarefas.

A detecção de erros e a identificação de atividades ineficazes nos processos de negócio são muito importantes do ponto de vista estratégico, dos requisitos económico-financeiros e de gestão de riscos em geral.

Sabe-se que as principais disfunções dos processos estão relacionadas com a forma como suas atividades são organizadas e com o fluxo de informações estabelecido. Através da análise da modelagem com BPMN, assim como durante a sua execução, é possível começar a detectar áreas de melhoria como a possibilidade de alteração de procedimentos, automatização de atividades ou necessidade de estabelecimento de métricas.

As técnicas de Process Mining trouxeram uma verdadeira revolução não só no diagnóstico de processos (validação da conformidade e identificação de oportunidades de melhoria) mas também na descoberta de processos “ocultos” (Process Discovery) que merecem ser formalizados com vista a uma melhor gestão dos processos de negócio.